御杖神社は、倭姫命（やまとひめのみこと）が、天照大神（あまてらすおおみかみ）を奉じる候補地を求め、御杖村を訪れた際、その印として自らの「杖」を残したとされる伝承の地で、現在もその「杖」をお祀りしています。
本殿は素木の神明造、拝殿は入母屋造で、久那斗神（くなどのかみ）を主神に、八衢比古神（やちまたひこのかみ）・八衢比女神（やちまたひめのかみ）が祀られ、拝殿両脇には「上津江杉（かみつえすぎ）」と呼ばれる樹齢６００年以上の御神木があります。
毎年１１月第１日曜日には秋まつりが開催され、神輿の上で子どもたちが太鼓を叩く太鼓台が、威勢の良いかけ声とともに地域を練り歩きます。